Stadsregio Amsterdam is als verband van 16 gemeenten uiteraard gericht op samenwerking. Niet alleen tussen de gemeenten onderling, maar ook in allerlei andere verbanden, met rijk, provincies of andere samenwerkingsverbanden.
Om de besluitvorming over grote infrastructuurprojecten en andere mobiliteitsvraagstukken op het niveau van de Noordvleugel sneller te laten verlopen, stemmen de bestuurders van de provincies Noord-Holland en Flevoland, de Stadsregio Amsterdam en de gemeente Amsterdam samen met de directie Noord-Holland van Rijkswaterstaat hun beleid af.
Bestuurders van de overheden in de Noordvleugel van de Randstad, waaronder de Stadsregio Amsterdam werken samen om de ruimtelijke ontwikkelingen gezamenlijk vorm te geven. Daartoe is inmiddels een aantal zogeheten Noordvleugelconferenties georganiseerd.